Istituito come ministero autonomo con Regie Patenti 17aprile 1815 quattro mesi dopo, con Regio Editto 17 agosto 1815, fu unito alla Regia Segreteria di Guerra. A partire da tale data, fino al 1850 le competenze della marina furono attribuite ad una specifica divisione della Segreteria di Guerra e Marina. Con Regio Decreto 11 ottobre 1850 le competenze relative alla marina passarono al Ministero di Agricoltura e Commercio. Tale ministero fu soppresso con Regio Decreto 26 febbraio 1852 e il dipartimento di marina fu provvisoriamente unito al Ministero di Finanze fino al 21 maggio dello stesso anno quando di esso fu incaricato il ministro della guerra. L’unione degli incarichi nella persona del ministro della guerra non comportò la fusione dei ministeri come si evince dal titolo II del Regolamento 23 ottobre 1853, relativo ai quadri numerici del personale, nel quale il Ministero di Marina risulta autonomo. Con Regio Decreto 18 marzo 1860 il Ministero di Marina fu unito alla presidenza del Consiglio.