In età napoleonica viene proposto in Italia il modello francese di creare un'autorità governativa locale: il Prefetto. Con la restaurazione questa istituzione venne abolita, ma con il decreto 7 ott. 1848 venne sostanzialmente ripristinata, con la differenza che il capo della provincia era chiamato intendente, nome che venne sostituito da quello di prefetto nel 1861.
La legge che regola attulamente le funzioni della prefettura è la n. 277 emanata l'8 mar. 1949, dove si indica come il prefetto rappresenti il potere esecutivo nella provincia. Il prefetto ha il compito di vigilare sulle amministrazioni e adotta, in casi di necessità, provvedimenti utili al pubblico interesse.
Nel 1999 con la riforma dell'organizzazione del Governo (d.l. 30 lug. 1999 n. 300) la Prefettura è stata trasformata in Ufficio Territoriale del Governo.