Gli atti prodotti dagli organi che si succedettero nell'esercizio delle competenze in merito sono a noi pervenuti nella struttura assunta nel XIX secolo a seguito di un riordinamento che ha accorpato le carte provenienti dall'archivio ministeriale con quelle dell'Azienda di marina. L'inventario è ripartito tra mazzi e registri, suddivisi all'interno in due settori