Gli ordinamenti di polizia sanitaria vennero posti sotto il controllo di due corpi distinti: il Protomedicato e il Magistrato di Sanità. Il primo si occupava di sorvegliare chi svolgeva una professione medica o farmaceutica, ma aveva il controllo anche su liquoristi, confettieri etc. Il secondo aveva autorità in materia di salute pubblica e sulla gestione dei lazzareti.