La raccolta trae la sua denominazione dall'erudito genovese Stefano Lagomarsino (+ 1831), in servizio dal 1816 al 1827 quale applicato presso gli archivi di corte, con l'espresso incarico di attendere al riordinamento delle carte dell'archivio segreto della Repubblica di Genova tarsferite da Parigi a Torino, dopo la caduta dell'impero napoleonico e l'annessione del Genovesato al regno di Sardegna. Allo stesso Lagomarsino fu inoltre assegnato il compito di collaborare con la regia commissione sopra gli archivi di Genova, presieduta dal primo presidente del senato genovese, alla riorganizzazione degli archivi delle magistrature della Repubblica. La stessa presenza del Lagomarsino tra il personale degli archivi di corte nasceva dalla precisa volontà di utilizzare la competenza del medesimo sulla storia e sulle istituzioni genovesi e di garantire allo stato la possibilità di acquisire la raccolta di documenti e la ricca biblioteca da lui posseduta, assicurandogli attraverso l'impiego, una rendita fissa.