I bombardamenti effettuati su Torino nel corso della Seconda Guerra Mondiale – dai quali l’Archivio di Corte esce pressoché indenne – danneggiano seriamente le Sezioni Riunite, che patiscono anche la distruzione di alcune serie documentarie, per un totale di 10.428 mazzi; nello stesso anno, 1.528 grandi casse contenenti i documenti ritenuti più preziosi vengono trasferiti in vari castelli del Piemonte.