Una delle prime istituzioni sanitarie che si occuparono dell’infanzia risale al 1843 quando fu fondato l’Istituto Sanitario per l’Infanzia ad opera di un comitato che tra i suoi membri annoverava Camillo Cavour e i medici Casimiro Sperino e Giovanni Giacomo Bonino. Nel 1847 l’Istituto si fuse con il Dispensario Oftalmico ma l’attività pediatrica cesso nel 1851. Solo alcuni anni dopo, nel 1880 il dott. Secondo Laura, già assistente medico all’Ospedale S. Giovanni, iniziò a ricoverare bambini malati in una casa di corso Dante nel 1884 questa istituzione denominata Ospedaletto venne eretta ad ente morale con regio decreto.
Lo stesso anno (secondo il Caffaratto o pochi anni più tardi) iniziarono i lavori di costruzione dell’edificio in via Giotto, tra via Menabrea e corso Bramante, che fu inaugurato nel 1890 e ampliato nel 1900.
La sezione di medicina era costituita dalla Clinica Pediatrica Universitaria, vi era una sezione chirurgica ortopedica  e un reparto di radiologia
Nel1935 fu eretto un padiglione per la Clinica Universitaria e nel 1936 fu aperta la scuola convitto per vigilatrici d’infanzia.
Nel 1944 la Clinica Pediatrica fu dotata di un moderno ed attrezzato laboratorio e in pochi anni vennero creati diversi reparti: il Centro Immaturi (1954); il Centro di Assistenza per Cardiopatici Congeniti (1955); il Centro di medicina nucleare (1957); il Centro ricerche virologiche (1958); il Servizio di Igiene mentale (1957) e il Servizio di Neuropsichiatria Infantile (1957).
Nell’ottobre 1961 la clinica Pediatrica completa in ogni sua parte viene inaugurata. L’Ospedale Infantile, a seguito sia della cessione della sede in Corso Bramante e Via Menabrea, sia avvalendosi di altre fonti di finanziamento, provvede a deliberare, in data 16 dicembre 1960 n. 3/60, la costruzione della propria Sede. In base a tale delibera si procede in data 3 marzo 1961 all’appalto delle Opere Murarie che vengono affidate alla Impresa Mario Grassi.
A lavori iniziati, l’Amministrazione dell’Ospedale, per il verificarsi di un continuo maggior afflusso di pazienti alla Clinica Pediatrica, gestita per convenzione dall’Ospedale Infantile, ed all’Ospedale Infantile, deve riesaminare, in rapporto alle nuove esigenze di ricovero, la capacità ricettiva del Nuovo Ospedale.
Nel maggio 1962 viene, dunque, redatto un progetto di ampliamento dell’edificio ospedaliero, sopraelevando di 6 piani il Corpo G all’estremo nord e di due piani i Corpi F e H.
L’Ospedale Infantile nel 1961 con la Clinica Pediatrica e nel 1966 con i reparti Ospedalieri si trasferì in Piazza Polonia n. 94. Documentazione tecnica relativa all’inizio dei lavori per la costruzione della nuova sede si trovano fondo “Ospedale Regina Margherita”.
Il 1 gennaio 1995 l’Ospedale Ostetrico Ginecologico Sant’Anna è stato riunito con l’Ospedale Infantile Regina Margherita costituendo l’Azienda Ospedaliera OIRM-S.Anna.